מערכת הממברנה מתוכננת על בסיס פעולה רציפה, אך בפועל, תמיד יהיה תדר מסוים של הפעלה וכיבוי. כאשר מערכת הממברנה מושבתת, יש להשתמש במים המיוצרים או במים מוסמכים שטופלו מראש לשטיפת לחץ נמוך כדי להחליף מים מרוכזים המכילים ריכוז גבוה אך מעכבי קנה מידה מהמים המרוכזיםקרום רורכיבי. יש לנקוט גם אמצעים כדי למנוע דליפת מים במערכת והכנסת אוויר, כי אם הרכיבים מאבדים מים להתייבש, אובדן שטף מים בלתי הפיך עלול להתרחש. אם ההשבתה היא פחות מ 24 שעות, אין צורך לנקוט צעדים כדי למנוע את הצמיחה של מיקרואורגניזמים. עם זאת, אם זמן הכיבוי חורג מהתקנות הנ"ל, יש להשתמש בנוזל מגן לשימור המערכת או לשטיפת מערכת הממברנה באופן קבוע.





