כל מערכת אוסמוזה הפוכה תהיה מזוהמת וצריכה ניקוי. מכיוון שבדרך כלל יש לא רק מזהם אחד כאשר מתרחש זיהום, תהליך הניקוי הטיפוסי כולל בדרך כלל שני שלבים: ניקוי pH נמוך וניקוי pH גבוה.
יש לנקות מזהמים שונים בחומרי ניקוי שונים. ניקוי אלקליני משמש בעיקר להסרת מיקרואורגניזמים או מזהמים אורגניים, וניקוי חומצה משמש בעיקר להסרת אבנית. יש לבחור את חומר הניקוי בהתאם לסוג המזהמים וסוג הממברנה כדי למנוע פגיעה בממברנה.
יש לקבוע את רצף השימוש בחומרי הניקוי בהתאם לבעיות בפועל. רצף הניקוי הרגיל הוא כביסה חומצית תחילה, ולאחר מכן כביסה אלקלית.
במקרים מסוימים, אם הזיהום הוא בעיקר חומרים אורגניים או מיקרואורגניזמים, ניתן לבצע תחילה שטיפה אלקלית, לאחר מכן שטיפת חומצה ולאחר מכן שטיפה אלקלית.
הסיבה החשובה לנטילת שטיפה אלקלית כשלב אחרון היא שהיא יכולה לפתוח במלואה את נקבוביות הממברנה לאחר הכבישה, כדי להחזיר את זרימת ייצור המים.
